Erste Unterweisungen in der Malerei erhielt Emanuel Wohlhaupter durch seinen Vater, den Historienmaler Franz Wohlhaupter (1644-1706). Die Farbwahl seiner Gemälde lässt auf die Kenntnis der venezianischen Malerei schließen, weshalb vermutet wird, dass sich Wohlhaupter während seiner Gesellenwanderung in Oberitalien – in Bologna und Venedig – aufgehalten hat. Möglich ist aber auch, dass er Werke der Venezianer in Wien gesehen hat. Sicher belegen lässt sich sein Aufenthalt in Ludwigsburg im Jahr 1715. Dort malte er mit dem Freskomaler Luca Antonio Columba (1661-1737) die Residenz der Württemberger Herzöge aus. Nach einem kurzen Aufenthalt in Brünn war er spätestens Anfang 1720 wieder zusammen mit Columba in Mainz und Biebrich im Auftrag des Fürsten Georg August von Nassau-Idstein tätig. Nachdem er Deckenmalereien für das Residenzschloss in Fulda ausgeführt hatte, freskierte er 1721 die heute nicht mehr erhaltene Orangerie von Schloss Biebrich. 1723 ernannte ihn der Fuldaer Fürstabt Constantin von Buttlar zu seinem Hofmaler. Zwischen 1727 und 1734 stattete Wohlhaupter den Kaisersaal und die Spiegelsäle des Fuldaer Schlosses, den Hauptsaal der Orangerie und das Oratorium der Universität mit Fresken und Malereien aus. Außerdem führte er 1731 für die Jesuiten die Deckenmalereien des Oratoriums im Päpstlichen Seminar und für Propst Konrad von Mengersen Malereien im Propsteischlösschen Johannesberg bei Fulda aus. 1736 leistete Wohlhaupter den Bürgereid und war wieder selbständig, führte den Titel des Hofmalers aber weiterhin. Spätestens seit 1746 arbeitete in seiner Werkstatt Johann Andreas Herrlein, der 1747 sein Schwiegersohn wurde. Mit ihm gemeinsam führte Wohlhaupter die Deckenmalereien in der Sommerresidenz Schloss Fasanerie im Auftrag von Fürstabt Armand von Buseck durch. Bis zu Wohlhaupters Tod führten beide Maler fortan alle Aufträge gemeinsam aus. Der größte Teil von Wohlhaupters Werken, der in der Hauptsache Deckenmaler war, ist als Raumdekoration in bauliche Zusammenhänge in Fulda und Umgebung integriert.

Nagler, Bd. 22, 1852, S. 43; Lütkehaus 1936, S. 9-27; AK Fulda 1991, S. 15-18, 114, 260f.